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グレートバリアリーフは、東オーストラリアコルディレラ地区の特徴です。それは北のトーレス海峡（最北端の島、Bapble Cayとパプアニューギニアの南海岸の間）から南のLady Elliot島（最南端の島）とFraser島の間の無名の通路まで達しています。カラスが飛ぶようにレディエリオット島はBramble Cayの南東1,915 km（1,190 mi）に位置しています。それは小さいマレー諸島を含みます。
プレートテクトニクスの理論によると、オーストラリアは新生代東オーストラリア期に始まって年間7 cm（2.8インチ）の速度で北向きに移動し、クイーンズランド州内陸の400 km（250マイル）の排水路の割れ目が移動しました。また、この間に、クイーンズランドは中央およびシールドの火山と玄武岩の流れをもたらす火山噴火を経験しました。これらのうちのいくつかは高い島になりました。 26サンゴ礁盆地が形成された後、サンゴ礁は盆地で成長し始めました、しかし、およそ2500万年前まで、クイーンズランド州北部は熱帯地方の南の温帯水域にまだありました。グレートバリアリーフの開発の歴史は複雑です。クイーンズランドが熱帯の海に漂流した後、それは大部分がサンゴ礁の成長と海面の変化に伴う減少の影響を受けました。 27〜28
サンゴ礁の直径は年1〜3センチメートル（0.39〜1.18インチ）大きくなり、年1〜25 cm（0.39〜9.84インチ）の範囲で垂直方向に成長します。しかしながら、それらは日光を必要とするために150メートル（490フィート）の深さを超えて成長するにすぎず、海抜を超えて成長することはできません。 2400万年前にクイーンズランドが熱帯の海域に入ったとき、いくつかのサンゴが生息しました29。しかし、急速に分割領域が浸食されて成長しました。川のデルタ、しみ、タービダイトの発生、サンゴの成長には不適切な条件1000万年前、海面が大幅に低下したため、さらに沈降が可能になりました。サンゴの成長を阻害するために、浮遊堆積物のためにその縁が遠すぎるまで堆積物から堆積する必要があるかもしれません。さらに、およそ40万年前には、より高い海面と4°C（7°F）の水温変化を伴う特に暖かい間氷期がありました。
現在のグレートバリアリーフの基盤を形成した土地は、グレートディビジョンレンジの侵食された堆積物から形成された海岸平野で、その大部分はそれ自体が古いサンゴ礁、あるいはまれに火山の残骸でした。グレートバリアリーフ海洋公園局（GBRMPA）は、完全なサンゴ礁構造の最も初期の証拠が60万年前であると考えています。現在の生きているサンゴ礁の構造であるGBRMPAは、約2万年前に古いプラットフォームで成長し始めたと考えられていますオーストラリア海洋研究所は、最終氷期最盛期の時点で現在のサンゴ礁の成長の始まりを迎えます。その頃、海面は今日より120メートル低くなっていました。
2万年前から6000年前まで、海面は世界中で着実に上昇しました。