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細胞療法可能與獨特的急性毒性相關，如果不及早發現並進行適當治療，這些毒性可能是嚴重甚至致命的。

細胞因子釋放綜合徵（CRS）是最常見的毒性，其嚴重程度可從低級別全身症狀到與威脅生命的多器官功能障礙相關的高級綜合徵。神經毒性，最初稱為CRES（CAR相關性腦病綜合症），現在更新為ICANS（免疫效應細胞相關神經毒性綜合症），是第二種最常見的不良反應，甚至可與CRS同時發生。成立了一個多學科工作組，以解決接受細胞治療的患者的安全問題，從而開發出新的分級方法和治療算法，這些方法已被納入CARTOX移動APP。