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WebMO允許用戶創建和查看分子的3-D可視化軌道和對稱元素，查找化學品的信息和從外部數據庫的屬性，以及國家的最先進的接入計算化學程序。

WebMO推薦給誰希望移動接入的分子結構，信息和計算的學生和教師在高中，大學和研究生院。

WebMO功能包括：
- 建立分子通過繪製原子和債券三維分子編輯器，或者講的名稱（例如，“阿司匹林”）
- 用VSEPR理論和分子力學優化結構
- 查看休克爾分子軌道，電子密度和靜電勢
- 視點組和對稱的分子元素
- 查找基本分子信息，包括IUPAC和通用名稱，化學計量，摩爾質量
- 從PubChem數據庫和ChemSpider查找化學數據
- 查找實驗和預測從外部數據庫分子性質（NIST，Sigma-Aldrich公司）
- 查找IR，UV-VIS，NMR和質譜從外部數據庫（NIST，NMRShiftDB）
- 捕捉高分辨率的分子圖像
- 保存和調用本地的分子結構
- 出口和進口通過電子郵件結構

WebMO也是前端WebMO服務器（版本16和更高）：
- 支持高斯，GAMESS，MOLPRO，MOPAC，NWChem，ORCA，PQS，PSI，量子咖啡，VASP，Q-CHEM和叮叮計算化學程序
- 提交，監控和查看計算
- 從輸出文件中提取搜索格式化表格數據，以及原始輸出
- 可視幾何形狀，部分電荷，偶極矩，簡正振動模式，分子軌道，和NMR / IR / UV-VIS光譜